Câu truyện kể về cô bé Asuna, ba mất sớm, mẹ là y tá, công việc khiến bà ít có thời gian bên cô, đó cũng là lí do, dù mới học cấp 1 Asuna đã trưởng thành, tự lập và già dặn trong suy nghĩ hơn những bạn đồng trang lứa, thời gian rảnh Asuna lại đi lên núi, ngồi trong hang động, lắng nghe thứ âm thanh kì lạ phát ra từ chiếc radio tự chế được thu sóng nhờ vào một viên pha lê kì lạ, quà của người cha quá cố, cùng người bạn MiMi của mình(1 con vật khá giống mèo- bản thân mình thì thấy giống báo hơn) mà cô tình cờ gặp trên rừng.

Một ngày nọ khi băng qua cầu, lẻn lên núi, Asuna bị một con vật kì dị với hoa văn trên người tấn công, cô may mắn được một chàng trai lạ mặt xưng tên là Shun đến từ vùng đất Agartha cứu, cảm kích trước chàng trai đồng thời từ anh toát ra một cảm giác khiến cô thấy đồng cảm, cô kể anh nghe về bí mật những âm thanh mà cô hay nghe từ viên pha lê, nhưng dường như Shun biết rõ âm thanh này cùng bí mật viên pha lê kia, anh cũng thổ lộ rằng cô chính là người con gái mà anh đang tìm kiếm, ngỡ đã tìm được một người bạn tâm giao mà bấy lâu chờ đợi, niềm vui của Asuna chưa trọn vẹn, thì Shun ra đi như những gì mà anh biết nó sẽ phải xảy ra, cái chết của Shun như cứa lại vết thương đã hành sâu trong Asuna, đau buồn, trống rỗng, đó là tất cả mọi khởi đầu cho chuyến hành trình phiêu lưu vào mảnh đất bị lãng quên –Agartha để hồi sinh người chết của Asuna.